El arquitecto francés Gastón Lelarge, construyó la cúpula actual del templo.
En el altar mayor se conservan los restos mortales de San Pedro Claver, quien entregó su vida a la redención de los esclavos negros llegados a Cartagena, por ello lo llamaron "el apóstol de los esclavos".

Sin lugar a dudas la Iglesia de San Pedro Claver es la de mayor importancia arquitectónica de Cartagena por su solidez y estética.
La construcción del convento fue ordenada por una cédula (disposición) del Rey Felipe III de España, el 25 de octubre de 1603.

A través de la historia, la vida del convento y de la iglesia está llena de dificultades:

• En 1677 los jesuitas fueron expulsados de las Indias por el Rey Felipe III, acusados de querer formar un Estado dentro del Estado Español quedando abandonadas las edificaciones.

• Entrando el periodo republicano, el gobierno del Presidente José Hilario López, los expulsó de Colombia en el año de 1850, y en 1861 procedió de igual forma el gobierno del general Tomás Cipriano de Mosquera.

También han sido diferentes los usos del Convento:

Primero sirvió de hospital para pobres con el nombre de San Sebastián y luego de hospital de la caridad. También sirvió de cuartel a las tropas republicanas convirtiéndose después en Hospital Naval hasta la década de los años 80. En nuestros días en la parte posterior del Convento funciona el Museo Naval del Caribe, bajo cuyas gestiones se realiza la restauración del sitio histórico.

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