Fundada en 1617 por el Reverendo Padre General Fray Francisco de Rivera. Fue edificada al extremo noroeste de la ciudad, en el mismo sitio donde se encontraba una vieja ermita conocida como El Humilladero. Dependía de los Mercedarios de la provincia de Lima (Perú). Un siglo después de su fundación, Cartagena sufre el rigor de los mares de leva, que causaron grandes daños en algunas edificaciones, por lo cual los Ingenieros Juan de Herrera y Tomás de Villa, propusieron la construcción de Murallas que une los baluartes de la Cruz con el de Santa Catalina para la defensa de estas edificaciones.

En el siglo XIX el edificio sufrió los embates de la Guerra de la Independencia. Ya en época republicana se convirtió en Escuela y después en Tribunal Superior de Justicia. A principios de este siglo se remodeló la capilla y el convento, la primera fue convertida en Teatro Municipal y el convento en Palacio de Justicia.