Estos dos fuertes tenían como misión, defender la entrada al surgidero de los navíos, por lo cual están ubicados en dos puntas enfrentadas en el borde de la bahía interior.
Se ubicaban: San Juan en la punta de la isla de Manzanillo y Santa Cruz de Castillogrande en la punta del Judío. Fueron destruidos completamente.

El fuerte de Santa Cruz fué utilizado como polvorín en la época de la República y explotó en 1936. Sus vestigios están hoy integrados a las instalaciones del Club Naval de Oficiales. La parte que se conserva del fuerte de San Juan de Manzanillo, corresponde a un tendal o almacén de pertrechos fortificado. Fué restaurado hacia 1980 y está integrado, en armonioso conjunto, a la casa de Huéspedes Ilustres de Colombia.